Худяков Анатолий Васильевич родился 29 июля 1937 года в Октябрьском городке Татищевского района Саратовской области. Он был пятым ребёнком в семье. Всего было шестеро детей: Инесса, Галина, Татьяна, Велиор, Анатолий и Константин.
Его отец — Василий Иванович Худяков уроженец села Перекопное, участник Гражданской войны, Заслуженный учитель школы РСФСР. В 1934 был направлен в село Лотошино директором средней школы. Затем устроился в школу Октябрьского городка Татищевского района. Сначала он был учителем, потом завучем, затем директором. Это было в апреле 1935 года.
В 1937 году у Василия Ивановича начались неприятности на работе. Выяснилось, что это дело рук учителя Новокрещенова. Директор принял его на работу преподавателем географии и биологии, учил его методике подготовки и проведения уроков, снабжал учебниками, картами. Между ними установились дружеские отношения. И как товарищу Василий Иванович рассказал о том, как по ложному доносу был исключён из партии. А этот человек оказался настоящим «Иудушкой» из романа Салтыкова-Щедрина «Господа Головлёвы»: донёс об их разговоре. Однажды на педсовете директор что-то доказывал своё, а Новокрещенов сказал: «Это тебе не троцкистское собрание». Не выдержал Василий Иванович, схватил на столе графин с водой и замахнулся на обидчика. По доносу Новокрещенова Василия Ивановича сняли с работы, ему грозил арест и он уехал в Саратов, работал маляром. Весной 1938 года семья переехала в село Рыбушка, где Василию Ивановичу дали место учителя. К 1 сентября 1940 года Василия Ивановича перевели в село Царёвщина Балтайского района Саратовской области. Здесь в 1945 году у Анатолия родился брат Константин российский художник, работающий в жанре цифровой художественной техники, президент Творческого союза художников России, председатель правления галереи «М’Арс», действительный член Российской академии художеств, Заслуженный художник Российской Федерации.
Василий Иванович Худяков стал директором Царевщинской средней школы а его супруга Мария Матвеевна Десятова учительницей русского языка и литературы.
В 1954 году Худяков Анатолий Васильевич окончил с золотой медалью Царевщинскую среднюю школу. В 1959 году окончил физико-математический факультет Саратовского государственного университета им. Н.Г. Чернышевского.
В город Димитровград Ульяновской области (до 1972 года — Мелеке́сс) попал по распределению в городской комитет по государственной безопасности и курировал в этом ведомстве Научно-исследовательский институт атомных реакторов. Предприятие было создано в 1956 году по инициативе академика И. В. Курчатова для инженерных и научных исследований в области атомной энергетики. Здесь изучались различные типы «атомных сердец» будущих электростанций.
В 1963 году перешел в НИИАР на научную работу. А.В.Худяков особенно хорошо известен тем работникам НИИ атомных реакторов, которые трудились в подразделениях института в конце шестидесятых — начале семидесятых годов. Анатолий Васильевич не скрывает, что вначале он работал по линии КГБ.
В 1968 году стал кандидатом физико-математических наук и почти тут же был избран секретарем парткома института. Анатолий Васильевич не давал спуску ни одному преднамеренному сокрытию информации по фактам утечки радиоактивности, за что был не любезен отдельным руководящим лицам НИИАРа.
С 8 апреля 1971 года — начальник лаборатории физических методов исследования твердого тела в составе материаловедческого отдела — МВО (прежнее название — лаборатория нейтронографии твердого тела).
Позднее он стал доктором физико-математических наук.
30 августа 1973 года лаборатория Худякова была переведена из материаловедческого отдела (МВО) в ядерно-физический отдел (ЯФО) и стала обозначаться Я-7.
Но уже через полтора года — 26 декабря 1974 года в связи с завершением работ по плану НИР, лаборатория физических методов исследования твердого тела Я-7 была упразднена. А через год — 31 декабря 1975 года ликвидируется и весь ядерно-физический отдел.
В 1975 году группа нииаровцев (Л.И.Новак, А.В.Худяков, Ю.А.Соловьев, В.В.Иваненко, П.С.Гордиенко) отправилась создавать новый научный центр – Дальневосточный. ДВНЦ был объявлен ударной комсомольской стройкой, ход строительства курировал один из секретарей ЦК ВЛКСМ. Четверо из нииаровцев сразу стали начальниками лабораторий. В том числе и Анатолий Васильевич Худяков.
С 1975 года Анатолий Васильевич работает и позже возглавляет Дальневосточный инженерный центр в ДВО АН СССР в г. Владивостоке. Здесь он создавал новые физико-технологические подразделения системы АН СССР, был занят интересной научно-исследовательской работой. А когда рванул реактор на Чернобыльской АЭС, то отправился в Киев, стремясь своими знаниями и наработками, в том числе изобретенными им и его коллегами очищающими устройствами из цеолита, помочь спасению людей от губительного воздействия радиации.
С 1981 года – работает в инженерно-физическом центре в г. Благовещенске,
В это же время он научный руководитель аспирантуры АмурКНИИ ДВО АН РАН, преподаватель вузов и научный сотрудник НИИ в городах Благовещенске и Абакане.
В 1986 году А.В. Худяков защитил диссертацию доктора физико-математических наук.
С 1986 по 1993 год он член Координационных Советов Совета Министров СССР.
С сентября 2000 года А.В. Худяков – профессор высшей математики Димитровоградского института технологии, управления и дизайна УГТУ. Здесь же Анатолий Васильевич помогает «Центру содействия гражданским инициативам», став в нем ведущим специалистом по проблемам ядерной и радиационной безопасности.
На протяжении всей своей трудовой деятельности Анатолий Васильевич был участником многих международных конференций, конгрессов и симпозиумов по вопросам физики твердого тела в России и за рубежом.